1999 წლის 31 ოქტომბრის საპარლამენტო არჩევნებში მონაწილეობის მიღების უფლება ჰქონდა იმ პარტიასა და პოლიტიკურ გაერთიანებას, რომელიც წარმოადგენდა 50 ათასი მხარდამჭერის ხელმოწერას, ან რომელსაც ჰყავდა წარმომადგენელი საქართველოს პარლამენტში.
პროპორციული სისტემით არჩევნები ტარდებოდა ერთიანი პარტიული სიით. პოლიტიკურ გაერთიანებას უფლება ჰქონდა მაჟორიტარულ საარჩევნო ოლქში წარედგინა დეპუტატობის ის კანდიდატიც, რომელიც მის პარტიულ სიაშიც იყო.
კონსტიტუციისა და საარჩევნო კანონის თანახმად, პარლამენტის შემადგენლობა განისაზღვრა 235 დეპუტატით. 150 აირჩეოდა პროპორციული, 85 კი მაჟორიტარული წესით.
არჩევნებში მონაწილეობა მიიღო 45-მა პარტიამ; 7%-იანი ბარიერი გადალახეს: "საქართველოს მოქალაქეთა კავშირმა" _ 42.07%, 894 850 ხმა (85 მანდატი); ბლოკმა "საქართველოს აღორძინება"" – 25.41%, 540 389 ხმა (51 მანდატი); ბლოკმა "მრეწველობა გადაარჩენს საქართველოს"" _ 7.13%, 151 685 ხმა (14 მანდატი).
მაჟორიტარული წესით მანდატები მოიპოვეს შემდეგმა პარტიებმა: "საქართველოს მოქალაქეთა კავშირი" _ 46 მანდატი; ბლოკი "საქართველოს აღორძინება"" _ 7 მანდატი; ბლოკი "მრეწველობა გადაარჩენს საქართველოს"" _ 1 მანდატი; "საქართველოს ლეიბორისტული (შრომის) პარტია" _ 2 მანდატი; დამოუკიდებელი კანდიდატები _ 17 მანდატი.
ამომრჩეველთა საერთო რაოდენობა 3 143 851 იყო, ხოლო არჩევნებში მონაწილეობა მიიღო 2 133 878 ადამიანმა.
არჩევნებამდე 6 კვირის განმავლობაში ჩატარდა ბევრი სოციოლოგიური გამოკითხვა, რომელთა თანახმადაც გამოკითხულთა 28 პროცენტი მხარს უჭერდა "მოქალაქეთა კავშირს", 10 პროცენტი _ "აღორძინებას", 18 პროცენტი _ დანარჩენ პარტიებს, გამოკითხულთა 19 პროცენტს ჯერ კიდევ არ ჰქონდა გადაწყვეტილი, ვის მისცემდა ხმას.
1999 წლის საპარლამენტო არჩევნების კამპანია უხვი იყო დაპირებებით. გურიაში ჩამოსული "მოქალაქეთა კავშირის" ლიდერები საქართველოს გაბრწყინების პირობას ერთმანეთის მიყოლებით დებდნენ.
მიხეილ მაჭავარიანი: _ თქვენის მეშვეობით, თქვენის დახმარებით ავირჩიეთ გზა, გარკვეული ისტორიული პერიოდის შემდეგ რომ საქართველოს ეცხოვრა ძლიერ დამოუკიდებელ ქვეყანაში, სწორედ თქვენი მეშვეობით, იმ ხალხის მეშვეობით, რომლებიც თავის თავზე იტანს გაჭირვებას, უხელფასობას, უპენსიობას, მაგრამ მაინც დგას, დგას, იმიტომ, რომ ქვეყანას უფრო მეტი სჭირდება. ქვეყანას სჭირდება თავისი ადგილი, ქვეყნას სჭირდება თავისი მდგომარეობა და, რაც მთავარია, ქვეყანას აქვს მომავალი. აქვს მომავალი, რომელზეც 1995 წელს მხოლოდ შეიძლება გვეფიქრა და გვეოცნება. მე მინდა დაგარწმუნოთ, რომ შეიძლება რთულია ამაზე საუბარი დღეს, მაგრამ საქართველოს სწორ არჩევანს ძალიან ბევრი ქვეყანა უყურებს.
ჩვენ ძალიან კარგად ვხედავთ, თუ როგორ უნდა მოვტრიალდეთ ახლა პრობლემების გადასაწყვეტად თვითონ შიგნით, საქართველოში, იმიტომ, რომ სწორედ მომავალი 4-5 წელი იქნება უდიდესი შანსი საქართველოს ეკონომიკის აღორძინების. შეიძლება, რაღაც ეტყობა თბილისს და იქ ნაკლები პრობლემაა, მაგრამ სწორედ ახლა დგება დრო, სწორედ აქ, რეგიონებში დაიწყოს იმ დარგების აღორძინება და ინვესტიციების მოზიდვა, რის გამოც ჩვენ ამ ოთხი წლის განმავლობაში ვიბრძოდით.
მე ნამდვილად არ მომწონს ის, რაც ხდება 1999 წელს და ჩვენ ვიცით, როგორ გამოვასწოროთ ეს საკითხი. ჩვენ არ გვეყო დრო და სწორედ აი ამ დროს გთხოვთ, თქვენთან ერთდ თქვენი ძალისხმევით, ჩვენი დაწყებული საქმე ბოლომდე მივიტანოთ!
ვანო ჩხარტიშვილი: _ ჩემი აზრით, ათწლეულების განმავლობაში ოზურგეთს იმ არჩევნის გაკეთების საშუალება არ ჰქონია, რაც უნდა გააკეთოს ახლა. ყველა ჩვენთაგანის, ჩვენი ოჯახების პასუხიმგებლობაა, იმდენად, რამდენადაც მე მინდა მთელი პასუხისმგებლობით განვაცხადო, რომ ჩვენ ვდგავართ იმ ზღვარზე, სადაც შეიძლება ჩვენმა არჩევანმა ძალიან საბედისწერო შედეგები მოუტანოს თითოეულ ჩვენთაგანს. გააკეთეთ არჩევანი ზურაბ ჩხაიძეზე _ ეს არის ის არჩევანი, რომელსაც, ჩემი აზრით, არჩევანი არ უნდა ჰქონდეს ოზურგეთში და ის უნდა გახდეს აუცილებლად ოზურგეთის ოლქიდან "მოქალაქეთა კავშირის" სახელით ოზურგეთის მაჟორიტარი დეპუტატი.
ავთანდილ ჯორბენაძე: _ მართალი გითხრათ, სხვა პარტიებზე წარმოუდგენლად მიმაჩნია საუბარი, რადგან საქართველოს პრეზიდენტი ჰყავს, პრეზიდენტს თავისი პარტია ჰყავს. ეგ პარტია მომავლის არის და ჩვენი შვილების, შვილიშვილების ძლიერი, ნორმალური, ერთიანი ქვეყნის საფუძველი გახლავთ. ამდენად, არანაირი საშიშროება სხვა პარტიების გამარჯვებისა გურიაში, მე მგონი, არ გახლავთ და არც შეიძლება იყოს.
შიშით თუ შიშის გარეშე გურიაში, და არა მარტო გურიაში, 1999 წლის საპარლამენტო არჩევნებში "მოქალაქეთა კავშირმა" გაიმარჯვა.
პარტიის სიით არჩეულთა რაოდენობა 1995 წლის არჩევნებთან შედარებით 24 პროცენტიდან 41 პროცენტამდე გაიზარდა. "მოქალაქეთა კავშირმა" არჩევნები 47 რაიონში მოიგო და პარლამენტში 85 ადგილი მოიპოვა.
პირველივე სესიაზე ზურაბ ჟვანია ხელმეორედ აირჩიეს პარლამენტის სპიკერად, ყველა კომიტეტის თავმჯდომარეები კი "მოქალაქეთა კავშირის" წევრები იყვნენ.