კომისიის ფუნქციებში შედის: რელიგიურ გაერთიანებებთან დაკავშირებული სამართლებრივი აქტების ანალიზი; რელიგიური–საკულტო დანიშნულების შენობა–ნაგებობების მშენებლობის მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების შემუშავება; რელიგიური გაერთიანებების დაფინანსების საკითხის შესწავლა; რელიგიური გაერთიანებების საკუთრების საკითხის შესწავლა; საჯარო ღვთისმსახურებისა და საჯარო რელიგიური მსვლელობის საკითხის შესწავლა; საერთაშორისო ორგანიზაციების, სამოქალაქო სექტორისა და მეცნიერული საზოგადოების წევრებთან კონსულტაციების გამართვა; რელიგიური გაერთიანებების საგანმანათლებლო საქმიანობის შესწავლა; ზემოაღნიშნულ საკითხებთან დაკავშირებით საქართველოს მთავრობისათვის განსახილველად რეკომენდაციების მომზადება და შესაბამისი საკანონმდებლო ცვლილებების შემუშავება. კომისიის სხდომები, როგორც წესი, ტარდება 2 თვეში ერთხელ, თუმცა კომისიის თავმჯდომარემ შეიძლება სხდომა საჭიროებისამებრ მოიწვიოს დადგენილ ვადაზე ადრე.
საქართველოს მთავრობის დადგენილებით განსაზღვრულია კომისიის შემადგენლობა: რეინტეგრაციის საკითხებში საქართველოს სახელმწიფო მინისტრი-კომისიის თავმჯდომარე, მისი პირველი მოადგილე, იუსტიციის მინისტრის პირველი მოადგილე, საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების მინისტრის მოადგილე, საქართველოს შინაგან საქმეთა მინისტრის მოადგილე, ევროპულ და ევროატლანტიკურ სტრუქტურებში ინტეგრაციის საკითხებში საქართველოს სახელმწიფო მინისტრის მოადგილე, დიასპორის საკითხებში საქართველოს სახელმწიფო მინისტრის პირველი მოადგილე , საქართველოს ფინანსთა მინისტრის მოადგილე, საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრის მოადგილე, საქართველოს კულტურისა და ძეგლთა დაცვის მინისტრის მოადგილე, რეინტეგრაციის საკითხებში საქართველოს სახელმწიფო მინისტრის აპარატის ადმინისტრაციული დეპარტამენტის უფროსის მოადგილე.
კომისიის გადაწყვეტილებით, კომისიის შემადგენლობაში შეიძლება შედიოდნენ საქართველოს პარლამენტის წევრები. კენჭისყრაში მონაწილეობის უფლების გარეშე კომისიის თავმჯდომარის მოწვევით კომისიის სხდომებში მონაწილეობას მიიღებენ რელიგიურ საკითხებზე მომუშავე საქართველოში მოქმედი არასამთავრობო და საერთაშორისო ორგანიზაციების წარმომადგენლები, სახელმწიფო უწყებათა და სხვადასხვა ორგანიზაციის წარმომადგენლები, შესაბამის სფეროში მომუშავე ექსპერტები/სპეციალისტები.
კომისიის შემადგენლობიდან წევრის გამოწვევა ხდება საქართველოს პრემიერ-მინისტრის ინიციატივით ან კომისიის წევრის წარმდგენი ორგანოს წინადადებით, კანონმდებლობით დადგენილი წესით. დადგენილებას ხელს პრემიერ-მინისტრი ირაკლი ღარიბაშვილი აწერს.
